Одно из условий списания банком всей суммы выданного льготного кредита и процентов по нему – сохранение численности работников по состоянию на 01.03.2021 на уровне не менее 90% от численности работников по состоянию на 01.06.2020 (п. 24, 28 Правил, утв. Постановлением Правительства от 16.05.2020 № 696). Контролировать численность нужно в течение всего периода кредитования - и в базовый период (с момента выдачи кредита и до 01.12.2020), и в период наблюдения (с 01.12.2020 до 01.04.2021). Причем в базовом периоде численность работников на конец каждого месяца должна составлять не менее 80% от численности по состоянию на 01.06.2020. При невыполнении этого условия кредит придется возвращать с уплатой процентов по обычной (нельготной) ставке (пп. 11, 12, 28 Правил № 696).
Численность работников банки определяют на основании сведений, размещенных в информационном сервисе ФНС, а именно на основании данных, указанных в форме СЗВ-М, которую организации и ИП сдают в ПФР. А ПФР, в свою очередь, передает эти формы в ФНС (п. 24 Правил, Письма ФНС от 20.08.2020 № ВД-2-19/1542@, от 14.08.2020 № ВД-4-19/13129@).
В целях льготного кредита, берется количество человек, указанное в ежемесячно сдаваемой форме СЗВ-М. А полное время занят сотрудник или нет, работает он или находится в отпуске (по уходу за ребенком, ежегодном, за свой счет и др.) никакого значения не имеет. Важно только наличие действующего трудового договора или ГПД. То есть как в период нахождения в отпуске по уходу за ребенком, так и после выхода из него ваша работница будет числиться в форме СЗВ-М как 1 человек.
Вы пишите, что на момент получения кредита численность была 17 человек (включая сотрудницу, которая была в отпуске по уходу), а в сентябре один человек уволился. В этом случае, и 80%-, и 90% уровень сохраняется (16 чел. / 17 чел. х 100% = 94%).
Заметим, что численность для сравнения берут не на момент выдачи кредита, а на момент обращения за ним (пп. 11, 24 Правил № 696 (ред., действ. с 02.12.2020), Письма ФНС от 20.08.2020 № ВД-2-19/1542@, от 14.08.2020 № ВД-4-19/13129@):
- если вы обратились за кредитом в банк после 25 июня 2020 г., то численность за каждый месяц базового периода и периода наблюдения будут сравнивать с той численностью, которая была учтена при расчете максимальной суммы кредита. А по сути, это данные, загруженные в базу ФНС по состоянию на 1 июня. То есть, за точку отсчета возьмут численность из СЗВ-М за май;
- если вы обратились за кредитом в банк до 25 июня 2020 г., то численность по состоянию на 25 ноября 2020 г. (для проверки перевода его с 01.12.2020 в стадию наблюдения или погашения) будут сравнивать с численностью, указанной в СЗВ-М за май, но только в том случае, если эти данные в СЗВ-М за май меньше 80% от той численности, которую взяли за основу при выдаче кредита. А по состоянию на 01.06.2020 г. в базе ФНС были данные только из СЗВ-М за апрель. Если же майская численность составляет 80% и более от численности, учтенной при выдаче кредита (апрельской численности), тогда эту первоначальную численность (за апрель) и будут брать для сравнения.
В целях списания кредита будут численность из СЗВ-М за май 2020 г. (или апрель 2020 г.) будут сравнивать с численностью по состоянию на 25 марта 2021 г. (пп. 12, 24, 28, 28 (1) Правил № 696 (ред., действ. с 02.12.2020)).  А на эту дату в базе ФНС будут данные о численности из СЗВ-М за февраль 2021 г.
Такие поправки в Постановление Правительства РФ от 16.05.2020 № 696 были внесены Постановлением Правительства РФ от 30.11.2020 № 1976. В частности, теперь нет условия о зарплате не ниже МРОТ у каждого работника, а данные о численности в некоторых случаях можно подкорректировать. Об изменениях подробнее читайте здесь.