Если вы получили от покупателя аванс под предстоящую поставку и начислили с этой суммы НДС, а затем обязательство по поставке товаров новировали в обязательство по возврату займа, то сумму начисленного ранее НДС вы можете принять к вычету.

Источник: Определение ВС РФ от 19 марта 2015 г. по делу N 310-КГ14-5185 Определение ВС РФ от 19 марта 2015 г. по делу N 310-КГ14-5185

Причем для того, чтобы это сделать, совершенно не нужно дожидаться момента, когда вы погасите свой долг по займу.

Все дело в том, что с подписанием соглашения о новации прекращаются все обязательства по договору поставки и у экс-продавца возникает обязанность по возврату займа, а заемные операции, как известно, не образуют налоговой базы по НДС. Следовательно, у продавца-заемщика, по сути, образуется переплата по НДС (тот налог, который он начислил с полученного ранее аванса). А приняв данную сумму к вычету, продавец как бы аннулирует свои обязательства перед бюджетом, при этом не нанеся ему никакого вреда.

Что же касается покупателя-заемщика, то если до подписания соглашения о новации НДС с предоплаты он принял к вычету, то уже после новирования обязательств эту сумму безопаснее восстановить.