Срок этот исчисляется с последнего дня квартала, в котором возникло право на вычет.

Источник: Определение КС РФ от 24.03.2015 № 540-О

Т.е. время для подачи декларации по НДС в этот срок не включается.

Дело в том, что обязанность по уплате налога возникает именно по окончании квартала, когда уже возможно определить сумму налога к уплате (к возмещению) с учетом заявленных вычетов, а не в момент подачи декларации.

Кроме того, Конституционный суд отметил, что если вычеты превышают начисленный НДС, плательщик имеет право на возмещение налога из бюджета, то данная процедура возможна и за пределами трехлетнего срока, если возмещению, например, препятствовали действия налоговиков. Правда, данное право придется отстаивать в суде.