Если в рамках одной поставки вы продаете одноименные товары, которые ввезли в РФ разными партиями,  то в счете-фактуре в графе 11 (номер таможенной декларации) нужно указать данные всех этих ГТД.

Источник: Письмо Минфина России от 23 апреля 2015 г. N 03-07-08/23285 Письмо Минфина России от 23 апреля 2015 г. N 03-07-08/23285

Так же следует поступить, перепродавая ввозные товары. Но в этом случае, ориентироваться нужно на номера таможенных деклараций, указанные в полученных от поставщика счетах-фактурах.

Напоминаем, что при продаже российских товаров в графе 11 счета-фактуры достаточно поставить прочерк. Как и в случае, если в счете-фактуре, полученной от поставщика импортного товара, номера ГТД указаны не были.

Корректно заполнить счет-фактуру вам помогут наши Типовые Ситуации КАК ОФОРМИТЬ СЧЕТ-ФАКТУРУ ПРИ ОТГРУЗКЕ?