Частичная ликвидация ОС на амортизацию не влияет

Но лишь при нелинейном методе ее начисления.

Источник: Письмо Минфина России от 27.04.2015 N 03-03-06/1/24095 Письмо Минфина России от 27.04.2015 N 03-03-06/1/24095

Это объясняется тем, что сумма недоначисленной амортизации будет продолжать списываться в рамках суммарного баланса соответствующей амортизационной группы. Ведь организация исключает данный объект из состава амортизационного группы без изменения ее суммарного баланса на дату ликвидации объекта.

Если же вы начисляете амортизацию линейным методом, то сумма недоначисленной амортизация по ликвидируемой части ОС включается в состав внереализационных расходов, там же учитываются и расходы на ликвидацию выводимого из эксплуатации основного средства.