Если материнская компания передает своей «дочке» какое-либо имущество для пополнения чистых активов, то такая передача облагается НДС.

Источник: Письмо ФНС России от 26.05.2015 N ГД-4-3/8827@ Письмо ФНС России от 26.05.2015 N ГД-4-3/8827@

При этом дочерняя компания не может принять к вычету входной НДС, т.к. передающая сторона в данном случае не предъявляет этот налог к оплате принимающей имущество стороне. Поэтому «дочке» не нужно регистрировать «материнский» счет-фактуру в книге покупок.