Если организация не успела сдать 6-НДФЛ (или 2-НДФЛ) по ликвидированному ОП до того, как оно было снято с учета, представить несданную отчетность нужно в ИФНС по месту регистрации головного офиса.

Источник: Информация УФНС по Ульяновской области

Или же в случае, когда закрытое ОП состояло на учете в налоговой инспекции, в которой зарегистрированы и другие «обособки» компании, НДФЛ-отчетность можно представить в эту же ИФНС.

При этом в 6-НДФЛ в графе «Представляется в налоговый орган (код)» и в 2-НДФЛ в поле «в ИФНС (код)» нужно указать код инспекции, в которую они фактически сдаются. А в строках «Код по ОКТМО» и «КПП» следует указать реквизиты закрытой «обособки».

Кстати, сдать 6-НДФЛ по ликвидированному ОП нужно не позднее срока, установленного НК для представления расчетов за период, в котором было закрыто подразделение. Т.е. если, например, «обособка» прекратила свое существование в июле 2016 года, то отчитаться по ней нужно не позднее 31 октября.

А вот справки 2-НДФЛ по закрытой «обособке» нужно будет представить не позднее 1 апреля года, следующего за годом, в котором ОП снято с учета.

Обратите внимание, если, сдавая 6-НДФЛ по обособленному подразделению, вы допустили ошибку в реквизите КПП или ОКТМО, вместо одного неверного НДФЛ-отчета нужно будет представить два новых.