Указанием в счете-фактуры сведений о номере ГТД и стране происхождения импортного товара (например, медизделий), пренебрегать не стоит, даже если после ввоза в страну товары были перерегистрированы и продаются в России под иным товарным знаком и с иным номером регистрационного удостоверения, чем те, с которыми они попали в РФ.

Источник: Письмо Минфина от 12.01.2017 № 03-10-11/613

Ведь обязанность продавца, реализующего товары, страной происхождения которых не является РФ, указывать в счете-фактуре номер таможенной декларации и страну происхождения, прописана в НК. Это необходимо для  того, чтобы налоговики могли проследить весь путь ввезенных товаров от импортера до конечного потребителя и, соответственно, проконтролировать исполнение всеми звеньями торговой «цепочки» НДС-обязанностей.

Правда, стоит отметить, что Минфин все-таки допускает ситуации, когда реализацию импортного товара можно оформить счетом-фактурой без ГТД. Это возможно, если товар, произведенный в государстве, не состоящем в ЕАЭС (например, в Китае), попал в Россию через границу со страной-членом ЕАЭС (например, Республикой Беларусь).