1) Если вы не предоставили вычеты на детей в январе и феврале, то можете сделать это в марте. Ведь вычеты предоставляются нарастающим итогом за все месяцы с начала года с учетом лимита дохода в 350 000 руб. Причем пересчитать налоговую базу и НДФЛ надо, даже если работник сам забыл написать заявление и принес его только в марте (подп. 4 п. 1 ст. 218 НК РФ, Письмо Минфина от 18.04.2012 № 03-04-06/8-118 (п. 1)). 
В результате перерасчета получится, что вы излишне удержали с работника НДФЛ в январе и феврале и вам нужно вернуть налог работнику по процедуре из п. 1 ст. 231 НК РФ. 
А вот говорить работнику, чтобы для возврата НДФЛ он в следующем году подал заявление в ИФНС, не имеет смысла. И Минфин, и Конституционный суд указывали, что налоговая инспекция возвращает физлицам переплаченный НДФЛ только при отсутствии налогового агента, к примеру, когда он ликвидирован (Письма Минфина от 24.12.2012 № 03-04-05/6-1430, Определение КС от 17.02.2015 № 262-О). И ФНС довела эту позицию КС до налоговых инспекций для использования в работе (Письмо  от 17.07.2015 № СА-4-7/12690@). Так что ИФНС все равно отправит работника к вам.

2) Как мы понимаем, работник отказался возвращать долг за неотработанные дни отпуска сверх 20%-й суммы, которую вы могли удержать по ТК. В этом случае с оставшейся суммы долга пересчитывать НДФЛ не нужно, поскольку непогашенная задолженность остается доходом, который работник раньше получил в виде отпускных. И ранее с нее правомерно был удержан НДФЛ.
Если работник не согласен погасить долг добровольно, тогда возвращенной им суммой отпускных признается лишь та, которую вы смогли удержать из его зарплаты при увольнении по нормам ТК (то есть, в пределах 20% от выплачиваемой работнику при окончательном расчете суммы).
ФНС разъясняла, что в справке 2-НДФЛ месяцем выплаты отпускных по коду 2012 следует показать уже пересчитанную сумму отпускных, то есть ту, что приходится на отработанные дни, а не изначально начисленную. А в месяце увольнения по коду 2000 указать начисленную зарплату в полной сумме без учета перерасчета отпускных (Письмо ФНС от 11.10.2017 № ГД-4-11/20479). 
О порядке перерасчета отпускных подробно с примерами заполнения 2-НДФЛ и 6-НДФЛ мы рассказывали в статье «Отпуск отгулян авансом: перерасчет в 2-НДФЛ и 6-НДФЛ при увольнении», опубликованной в ГК, 2018, № 1