Даже если налогоплательщик просрочил подачу «нулевой» отчетности, штраф за просрочку уплатить все равно придется. Ведь отсутствие налога к уплате не освобождает от ответственности за нарушение сроков представления налоговой декларации, а минимальной размер штрафа за такой проступок не зависит от суммы неуплаченного налога. В настоящий момент «стартовый» размер взыскания составляет 1000 рублей.

Источник: Письмо Минфина России от 14.08.2015 №03-02-08/47033 Письмо Минфина России от 14.08.2015 №03-02-08/47033

Такую точку зрения со ссылкой на позицию Пленума ВАС РФ высказал недавно Минфин.

Если же не поданная в срок декларация предполагает перечисления в бюджет, то размер штрафа увеличивается пропорционально налоговой задолженности п.1. ст.119 НК РФ.