Получив от участника Общества вклад в уставной капитал в виде основного средства, входной налог по нему нужно учесть в общем составе вычетов в том периоде, когда данное имущество было принято на учет. Трехлетний срок для заявления вычета в этом случае не действует.

Источник: Письмо Минфина России от 09.10.15 № 03-07-11/57833

Дело в том, что три года предоставляется только в отношении сумм НДС по товарам (работам, услугам), а также по ОС (НМА), приобретенным в РФ или ввезенным в страну п.2 ст.171 НК РФ. В прочих случаях затягивать с вычетом не стоит, а иначе можно вовсе остаться без него.

Кроме этого нужно помнить, что учесть входной НДС по внесенному в УК имуществу можно лишь при условии восстановления входного налога передающей стороной п.11 ст.171 НК РФ.