Если сотрудник уволился до конца года, за который ему уже был предоставлен и оплачен отпуск, и вернул работодателю сумму отпускных за неотработанные дни, то базу по НДФЛ необходимо скорректировать.

Источник: Письмо ФНС от 11.11.2015 № БС-4-11/19749@ Письмо ФНС от 11.11.2015 № БС-4-11/19749@

Ведь если работник вернул часть отпускных, эти суммы перестают быть его доходом. И тогда перечисленная работодателем в бюджет сумма налога становится излишне уплаченной.

Вернуть переплату НДФЛ можно в установленном НК РФ порядке ст.78 НК РФ. В частности, нужно подать соответствующее заявление в бумажном виде или в электронной форме по ТКС или через личный кабинет, подписав его усиленной квалифицированной электронной подписью п.6 ст.78 НК РФ.