Представление уточненной декларации после окончания камеральной проверки не освобождает налогоплательщика от санкций за нарушения, выявленные в ходе налоговой ревизии первичной отчетности.

Источник: Письмо ФНС от 20.11.2015 № ЕД-4-15/20327

Дело в том, что возможность прекращения налоговой проверки первоначальной декларации после подачи уточненной предусмотрена лишь для тех случаев, когда проверяемый успел представить «уточненку» до окончания проверки п. 9.1.ст.88 НК РФ.

Дата начала и окончания «камералки» указывается в соответствующем акте, составляемом сотрудниками ИФНС пп.9 п.3 ст.100 НК РФ.

Поэтому, если «уточненка» подана уже после того, как акт по итогам проверки был составлен, то оснований для прекращения рассмотрения материалов ревизии нет, и решение по результатам проведенного налогового контроля все равно будет вынесено.