Пересчитать НДФЛ можно. А вот ответ на вопрос, нужно ли с физлица доудерживать налог, неоднозначный. Подробнее об этом читайте в ответе на вопрос «Доудержание НДФЛ с дохода за декабрь». 
Если же налог пересчитан в меньшую сторону, то излишне удержанный налог вы должны будете вернуть физлицу. 
Ведь контролирующие органы и Конституционный суд указывали, что налоговая инспекция возвращает физлицам переплаченный НДФЛ только при отсутствии налогового агента, к примеру, когда он ликвидирован (Письма Минфина от 24.12.2012 № 03-04-05/6-1430, ФНС от 17.07.2015 № СА-4-7/12690@, Определение КС от 17.02.2015 № 262-О). Поэтому при выявлении переплаты не отправляйте работника за возвратом налога в ИФНС, она направит его обратно к вам.
По НК вам дается 10 рабочих дней со дня обнаружения излишнего удержания для того, чтобы сообщить о сумме переплаты работнику (п. 7 ст. 6.1, п. 1 ст. 231 НК РФ). Срок для написания заявления работником на возврат налога НК не установлен. Есть только срок на возврат налога – в течение 3 месяцев со дня получения заявления от работника (п. 1 ст. 231 НК РФ). 
А вот заполнение справки 2-НДФЛ по этому работнику будет зависеть от того, когда вы вернете ему переплату. Если вы перечислите ему деньги на банковский счет до того, как сдадите 2-НДФЛ в налоговую, тогда в справке за 2018 г. сумму излишне удержанного налога показывать не надо. У работника суммы исчисленного, удержанного и перечисленного НДФЛ в разделе 2 справки за 2018 г. должны быть одинаковые.
Если же на дату подачи 2-НДФЛ вы еще не вернете переплату, тогда в справке за 2018 г. в разделе 2 нужно указать сумму излишне удержанного налога. А потом после ее возврата придется сдать в ИФНС корректирующую справку за 2018 г. – без суммы излишне удержанного налога (пп. 1.18, 2.5, 2.8 Порядка заполнения, утв. Приказом ФНС от 02.10.2018 № ММВ-7-11/566@, Письмо ФНС от 14.11.2016 № БС-4-11/21536@).
Имейте в виду, что сумму возвращенного работнику налога надо отразить по строке 090 раздела 1 расчета 6-НДФЛ в том отчетном периоде 2019 г., в котором вы перечислите деньги на банковский счет физлица. При этом сумму удержанного НДФЛ, отражаемую по строке 070, не нужно уменьшать на возвращенную переплату (Письмо ФНС от 12.04.2017 № БС-4-11/6925). Заметим, что сумму НДФЛ, удержанную и подлежащую уплате в бюджет с доходов всех работников за месяц вы можете уменьшить на сумму переплаты, возвращенную сотруднику в этом месяце (п. 1 ст. 231 НК РФ, Письмо УФНС по г. Москве от 30.06.2017 № 20-15/098896@).
Если сумма возврата больше, чем НДФЛ за 3 месяца, вы можете попросить вернуть деньги из бюджета. О том, как это сделать, читайте в ответе на вопрос «Уплата НДФЛ с зарплатного аванса».