Если гражданин объединил две квартиры в одну и получил новое свидетельство о праве собственности, то срок владения объединенной недвижимостью для НДФЛ-целей исчисляется с даты регистрации этой недвижимости.

Т.е. доход от продажи жилья, полученного в результате перепланировки, облагается НДФЛ, если оно было в собственности менее 3-х лет, даже если объединяемыми квартирами гражданин владел более 3-х лет.

Об этом говорит Минфин Письмо Минфина Письмо Минфина от 10.04.14 № 03-04-05/16457, мотивируя свой вывод тем, что две квартиры, объединенные в одну – это уже совершенно новый объект недвижимости, подлежащий обязательной регистрации.

А вот если бы гражданин делал перепланировку внутри одной квартиры, не нарушая при этом ее изначальных границ, то в этом случае срок владения в целях исчисления НДФЛ определялся бы по первоначальному свидетельству Письмо ФНС от 11 декабря 2012 г. N ЕД-4-3/21023.