Если физик-подрядчик, получивший от вас аванс по ГПД, отказывается от исполнения договора, то после его расторжения этот физик должен вернуть вам ту сумму, которую фактически от вас получил. То есть без учета удержанного вами НДФЛ.

А у вас в этом случае возникает «агентская» переплата по НДФЛ, которую вы вправе вернуть из бюджета Письмо Минфина от 28.08.2014 № 03-04-06/43135.

Заметим, что ранее Минфин приходил к довольно странному выводу: организация должна вернуть физику на основании его заявления НДФЛ Письмо Минфина от 26.05.2014 № 03-04-06/24982. Следовательно, физик должен вернуть организации аванс вместе с НДФЛ. Но налог-то организация уже перечислила в бюджет.

Теперь же финансисты исправились, и как говорится, все встало на свои места.

Обратите внимание, налог можно вернуть из бюджета, а можно и зачесть в счет уплаты будущих платежей. Но с точки зрения налоговой беспроблемности лучше все-таки написать именно заявление о возврате Письмо ФНС от 04.07.2011 № ЕД-4-3/10764.