Если покупку товаров или услуг покупатель оплачивает в два этапа, продавцу нужно сформировать два кассовых чека.

Источник: Письмо ФНС от 19.03.2021 № АБ-3-20/2062@

Так, например, если сначала покупатель внес частичную предоплату, а потом произошел конечный расчет с учетом ранее предоставленной предоплаты, чеки формируются в следующем порядке:

- первый чек с признаком способа расчета «предоплата» нужно пробить в момент получения первой части денег;

- второй кассовый чек с признаком способа расчета «полный расчет» оформляется по факту передачи предмета расчета. Причем во втором чеке указывается общая сумма расчета с учетом ранее внесенной предоплаты.

Также вам может пригодиться в работе Обзор: "Нарушения при работе с онлайн-кассами: о чем бизнес спорил с ФНС в 2020 году".