Минфин одобряет практику откладывания вычета и расходов до снятия разногласий с контрагентом по поводу цены, объема и стоимости оказанных им услуг/работ. То есть на основании уточненного акта/протокола и первичного счета-фактуры вы можете учесть расходы и принять к вычету НДС, исходя из фактической стоимости услуг/работ Письмо Минфина России от 30.04.2013 N 03-03-06/1/15358.

На самом деле можно и не «тормозить»:
- оприходовать услуги/работы по акту контрагента и принять НДС к вычету по его счету-фактуре, даже если у вас имеются разногласия по объему/стоимости и акт вы подписали с указанием на это;
- если после переговоров поставщик выставит вам уточненный акт и корректировочный счет-фактуру на уменьшение объема/стоимости услуг или работ, вашей ошибки в этом нет. Налог вы должны будете пересчитать в периоде их выставления – уточненку подавать не надо! Если речь о товарах (то есть имеет место недопоставка), а не о работах/услугах, то именно так и нужно делать Письмо Минфина России от 10.02.2012 N 03-07-09/05.