Если ваша организация заключила договор аренды нежилого помещения, находящегося в долевой собственности, только с одним гражданином – сособственником и только ему вы выплачиваете арендную плату, то для целей уплаты НДФЛ доход возникает только у этого арендодателя.

Такие выгодные для налоговых агентов разъяснения дал Минфин Письмо Минфина от 16.08.2013 № 03-04-06/33598. И это в полной мере соответствует нормам НК. Ведь в данном случае доход в виде арендной платы от организации получает только один гражданин–арендодатель (а все остальные сособственники нет). Поэтому именно с выплачиваемых ему доходов организация как налоговый агент и обязана исчислить НДФЛ, удержать его из суммы арендной платы и перечислить в бюджет п. 1 ст. 226 НК РФ.
А вот если арендодатель зарегистрирован как предприниматель и сдача помещений в аренду – это вид его предпринимательской деятельности, тогда с выплачиваемой ему арендной платы вы не должны исчислять и удерживать НДФЛ. Он будет это делать сам п. 2 ст. 226 НК РФ.
Кстати, чтобы у вас не было проблем с другими сособственниками нежилого помещения, попросите арендодателя предоставить вам письменное и нотариально заверенное согласие всех сособственников на сдачу этого помещения в аренду.