УПД можно использовать вместе с самостоятельно разработанными формами

Такая потребность может появиться, если, например, компания использует универсальный передаточный документ (УПД) для оформления сдачи-приемки услуг, но по некоторым сделкам УПД применить сложно. Тогда документ, в котором будет отражаться вся необходимая информация, компания может разработать самостоятельно Письмо ФНС от 29.01.2014 № ГД-4-3/1402@.

Например, для оформления сделок с иностранными контрагентами можно использовать самостоятельно разработанный двуязычный акт сдачи-приемки. Главное, чтобы он содержал все обязательные реквизиты первичного документа, установленные законом. И был утвержден в составе учетной политики организации.
И тогда часть сделок по оказанию услуг у организации будет оформлена УПД, а часть – таким двуязычным актом плюс счет-фактура. Ничего страшного в этом нет.