Если работник направлен в длительную командировку за границу и все свои трудовые обязанности выполняет по месту работы в иностранном государстве, то получаемое им вознаграждение – это доход, полученный от источников за пределами РФ.

И этот доход подлежит обложению НДФЛ на территории иностранного государства и в соответствии с его законодательством. Такие разъяснения дал Минфин Письмо Минфина от 23.01.2014 № 03-08-05/2271.

То есть, по сути, речь идет о переводе сотрудника на работу за границу. Причем в трудовом договоре обязательно должно быть указано, что рабочее место сотрудника находится в иностранном государстве Письмо Минфина от 22.08.2013 № 03-04-05/34436.

Тогда по "заграничным" доходам работника ваша компания не будет налоговым агентом с того момента, как работник станет нерезидентом. А пока работник является резидентом (пробыл за границей менее 183 календарных дней в году), ваша компания-работодатель должна удерживать из его доходов НДФЛ по ставке 13%.

Аналогичную позицию Минфин высказывал неоднократно п. 1 Письма Минфина от 10.06.2011 № 03-04-06/6-136.

А вот если направление работника на длительное время за границу вы оформите как командировку и будете за весь период выплачивать работнику средний заработок, то это уже и ФНС Письмо ФНС от 19.03.2013 № ЕД-3-3/945@, и Минфин Письмо Минфина от 22.08.2013 № 03-04-05/34436 рассматривают как доход от источников в РФ. И с него работодатель должен удерживать НДФЛ:
- сначала по ставке 13%, пока у работника будет статус резидента;
- потом по ставке 30% (причем по доходам с начала года), когда работник станет нерезидентом.
Как видим, порядок исчисления налога зависит от того, как оформлены документы по командированному. То есть это разъяснение из серии: «Как вы лодку назовете, так она и поплывет».