ФНС считает, что налогоплательщики вправе рассчитывать на уточнение платежек с ошибочными КБК только в том случае, если уточнение производится в пределах одного и того же налога.

Например, вы ошиблись в КБК по НДФЛ, указав код для другой ставки налога.
«Перебрасывать» же платеж с КБК по НДС на, например, налог на прибыль категорически нельзя. Соответственно, в случае таких ошибок в платежках вы не можете рассчитывать на сторнирование пеней.

Вывод ФНС довольно спорный, так как из ст.45 НК РФ запрет на уточнение таких платежек не следует. Напомним, что там содержится один подходящий в данном случае запрет на уточнение – платеж не попал на соответствующий счет Федерального казначейства.
И если сумма пеней существенна, то вы вполне можете оспорить их начисление. Суды считают, что в случае ошибок с КБК (в том числе если был указан КБК другого налога), отказ налоговиков уточнить платеж неправомерен.

Источник: Письмо ФНС России от 22.12.2011 N ЗН-4-1/21889