То НДС со стоимости работ исполнителю нужно включить в базу по данному налогу не раньше, чем суд вынесет решение, подтверждающее факт выполнения данных работ.

Источник: Письмо Минфина РФ от 18.05.2015 № 03-07-РЗ/28436 Письмо Минфина РФ от 18.05.2015 № 03-07-РЗ/28436

Ведь датой формирования базы по НДС при выполнении работ признается наиболее ранняя из дат: день оплаты работ либо день их выполнения, определяемый по акту сдачи-приемки. А раз заказчик отказался подписать такой акт, то исполнителю ничего не остается делать, как обратиться в суд (конечно, если он хочет получить деньги за свою работу). И именно день вступления в силу судебного решения будет являться днем выполнения работ для НДС-целей.

Стоит отметить, что мнение Минфина на этот счет остается неизменным Письмо Минфина от 02.02.2015 г. N 03-07-10/3962.

Кстати, факт неподписания заказчиком акта никак не влияет на принятие исполнителем к вычету входного НДС по выполняемым работам.