НДФЛ с доходов сотрудников, занятых в деятельности, переведенной на ЕНВД, предприниматель перечисляет по месту учета в качестве «вмененщика».

Источник: Письмо ФНС от 25.02.2016 № БС-3-11/763@

А налог с доходов работников, занятых в сфере бизнеса, облагаемой в рамках УСН, уплачивается в бюджет по месту жительства ИП.

Естественно, чтобы исполнять обязанности налогового агента с применением этого правила, нужно вести раздельный учет доходов, полученных по разным видам деятельности.

Обратите внимание, что если один и тот же сотрудник, выполняет трудовые обязанности, связанные с видами деятельности, относящимися к разным режимам налогообложения (и ЕНВД, и УСН), налог с его вознаграждения также нужно соответствующим образом разделить и уплатить в разные инспекции.