В случае, когда агент реализует товары (выполняет работы, оказывает услуги) от имени и за счет принципала, счет-фактуру на такую реализацию агент не выставляет.

Источник: Письмо Минфина от 28.04.2018 № 03-07-09/29386

Как разъяснил Минфин, Правилами заполнения счетов-фактур не установлены особенности оформления НДС-документов агентами, действующими от имени и за счет принципала. А значит, в такой ситуации счет-фактуру конечному покупателю должен выставить реальный продавец-принципал.

А вот если агент продает товары принципала от своего имени, то счет-фактуру по такой реализации должен выставить именно агент. В таком случае в строках 2, 2а и 2б счета-фактуры указываются соответственно наименование, место нахождения и ИНН агента (Письмо Минфина от 19.10.2015 № 03-07-14/59665).