Если налоговый агент возвращает работнику переплату по НДФЛ, образовавшуюся, например, в результате пересчета отпускных, в разделе 2 формы 6-НДФЛ такой возврат не фигурирует. Возвращенную «физику» сумму налога нужно отразить в разделе 1.

Источник: Письмо ФНС от 13.10.2016 № БС-4-11/19483

Например,  в III квартале работнику был выплачен доход 200 000 рублей, с этой суммы был начислен НДФЛ – 26 000 руб., но в бюджет фактически было уплачено 25 000 руб., т.к. 1 000 рублей налога была возвращена «физику» как излишне удержанная в предыдущем периоде.

В такой ситуации 6-НДФЛ за 9 месяцев нужно заполнить следующим образом:

- по строке 130 «Сумма фактически полученного дохода» - 200 000;

- по строке 140 «Сумма удержанного налога» - 26 000;

- по строкам 100-120 – соответствующие даты.

Сумму налога, возвращенную физлицу, следует отразить в разделе 1 по строке 090 «Сумма налога, возвращенная налоговым агентом».

Обратите внимание, что сумма возвращенного налога отражается в расчете 6-НДФЛ именно в том периоде, когда был произведен возврат. Т.е. если отпускные за сентябрь будут пересчитаны в сторону уменьшения в октябре, то указать возвращенную излишне удержанную сумму НДФЛ по строке 090 Раздела 1 нужно будет в годовом расчете 6-НДФЛ.