Если компания в ответ на требование налоговиков о представлении документации направит в инспекцию по ТКС файл обмена, в который «упакованы» документы и в виде скан-образов, и в виде xml-файлов, ничего плохого не произойдет.

Источник: Письмо ФНС от 15.02.2017 № ЕД-4-15/2822@

Как разъяснила ФНС, счету-фактуре и соответствующей ей «первичке» совершенно не обязательно выглядеть одинаково. Т.е. на основании бумажной товарной накладной или акта можно совершенно спокойно выписать электронный счет-фактуру.

Если ИФНС затребует документы по сделке, оформленной таким оригинальным способом, в файл обмена попадут накладная (или акт) в виде скан-образа и счет-фактура в виде электронного xml-документа. Поскольку порядок представления документов по требованию ИФНС не содержит каких-либо ограничений по поводу наличия в составе одного файла обмена только скан-образов или только хml-файлов, никаких негативных последствий для налогоплательщика за направление такого «форматного коктейля» не будет.