Даже если документ с выделенной суммой налога был выставлен по освобожденной от НДС операции.

Источник: Определение ВС от 27.11.2017 № 307-КГ17-12461

Как отмечается в недавно вынесенном определении Верховного суда, обязанность продавца уплатить НДС в бюджет и право покупателя принять налог к вычету связаны с одним и тем же фактом – выставлением счета-фактуры с выделенной суммой налога. Поэтому, даже если такой счет-фактура выставляется неплательщиком НДС или плательщиком налога, но по реализации, не подлежащей обложению НДС, покупатель вправе применить налоговый вычет.

Кстати, Минфин и ФНС считают также.