В случае, когда лизингополучатель перечисляет лизингодателю суммы за невозврат или несвоевременный возврат предмета лизинга (в том числе по решению суда), полученные деньги лизингодатель должен учесть в базе по НДС.

Источник: Письмо Минфина от 27.11.2017 № 03-07-11/78179

Как известно, в НДС-базу включаются суммы финансовой помощи, полученные на пополнение фондов специального назначения, в счет увеличения доходов, либо иначе связанные с оплатой реализованных товаров. Суммы, уплаченные лизингополучателем за невозврат лизингового имущества, по сути, являются платой за фактическое использование предмета лизинга, и соответственно, облагаются НДС.

Естественно,  в этом случае лизингодатель должен выставить и зарегистрировать в книге продаж счета-фактуры на полученные суммы.