В счетах-фактурах нужно указывать КПП того подразделения, которое выступило продавцом, - головного или обособленного.  Если товар реализовало головное подразделение, а указан КПП филиала, то это ошибка. И Минфин намекает, что ее лучше бы исправить Письмо Минфина России от 04.03.2013 N 03-07-09/6404.

Но эта ошибка некритична. И налоговики не вправе снимать вычет только лишь на этом основании. Ведь идентифицировать продавца это не мешает – он однозначно определяется по корректно указанному уникальному ИНН.

Все вышесказанное применимо и к ошибкам в КПП покупателя.

Похожие споры имели место по прежней версии правил заполнения счетов-фактур. И суды тогда приходили к выводу, что указание КПП вовсе не является обязательным – в НК РФ в числе обязательных реквизитов он не упоминается Постановление ФАС СКО от 04.06.2008 N Ф08-3055/2008. Причем это было еще до появления поправки о не препятствующих вычету ошибках в счетах-фактурах.