При получении безвозмездной помощи от учредителей (в том числе ценными бумагами) налог на прибыль платить не надо – пока тут действует освобождение по пп. 11 п. 1 ст. 251 НК РФ. Но вот при их реализации (продаже, погашении) налог придется заплатить по полной – Минфин напоминает, что их налоговая стоимость равна нулю Письмо Минфина России от 25.03.2013 N 03-03-06/1/9218!

Действительно, раз расходов на приобретение ценных бумаг вы не понесли, то и доход от их реализации можно уменьшить разве что на затраты на их реализацию, которые вряд ли будут существенными.
Кстати, такие же последствия будут и при реализации другого полученного безвозмездно «добра» (кроме ОС) – без спора с налоговиками его стоимость вы в расходах не учтете Письмо УФНС РФ по г. Москве от 01.11.2011 N 16-15/105703@. Причем и суд вряд ли поможет, учитывая, что налог при получении имущества вы не платили.