По мнению Минфина, компании не должны удерживать с предпринимателей НДФЛ, если последние указали в договоре на свой предпринимательский статус. Даже если предмет договора не указан в выписке из ЕГРИП в качестве вида предпринимательской деятельности.

Например, предприниматель заключил договор строительного подряда, а в выписке из ЕГРИП не указано, что он занимается подобной деятельностьюю. Но мы еще раз повторим свою рекомендацию предпринимателям – по возможности вносите в ЕГРИП все возможные виды (групповые коды) своей деятельности.

Более подробно об этой проблеме читайте в "Налоговом информбюро" в ГК N 21. 

Источник: Письмо Минфина России от 10.10.2011 N 03-04-06/3-259