Если работник за свои (или кредитные) деньги приобрел жилье у своего работодателя, это не мешает ему претендовать на получение имущественного вычета по НДФЛ.

Источник: Письмо Минфина от 21.01.2016 № 03-04-05/1916

Дело в том, что налоговым законодательством предусмотрен ряд случаев, когда вычет по расходам на покупку жилья не предоставляется. В основном это относится к ситуациям, когда средства, израсходованные на приобретение недвижимости, физлицу кто-то дал: работодатель, государство (материнский капитал или субсидии). Помимо этого, НДФЛ-вычет не положен при заключении сделок купли-продажи с взаимозависимыми лицами.

А вот приобретение жилья у работодателя в этот перечень не входит. Следовательно, воспользоваться своим правом на имущественный вычет «физику» никто не запрещает.