Порядок заполнения новой формы 2-НДФЛ не требует проставления на справке печати организации. Документ заверяется только подписью налогового агента или его представителя.

Источник: Письмо ФНС от 17.02.2016 № БС-4-11/2577

В зависимости от того, кто подписал 2-НДФЛ (налоговый агент или представитель), нужно поставить соответствующий код (1 или 2 соответственно).

Чья именно подпись должна стоять на справке, представляемой в ИФНС или выдаваемой работнику, вы можете прочитать в нашей Консультации.

Впрочем, при желании компания может дополнительно заверить справку оттиском своей круглой печати (при ее наличии). Никакого запрета на этот счет порядок заполнения 2-НДФЛ не содержит.

Напомним, что представить в инспекцию 2-НДФЛ организации и ИП, выплачивавшие в 2015 году физлицам облагаемые НДФЛ доходы, должны не позднее 1 апреля.