Правда, лишь в случае, когда сумма НДФЛ, перечисленного налоговым агентом в бюджет, больше той, которую он удержал у физлица-налогоплательщика.

Источник: Письмо ФНС от 06.02.2017 № ГД-4-8/2085

Как разъяснила ФНС, поскольку по правилам уплата НДФЛ за счет средств налоговых агентов не допускается, то перечисление в бюджет суммы, превышающей сумму фактически удержанного из доходов физлиц налога, не является уплатой НДФЛ.

Соответственно, такую переплату можно вернуть в общем порядке, зачесть в счет оплаты налоговой задолженности или учесть в счет будущих платежей по федеральным налогам (например, НДС или налогу на прибыль).

Правда, придется доказать, что уплаченный НДФЛ – вовсе не НДФЛ. Для этого помимо заявления на возврат (зачет), нужно будет представить документы, подтверждающие, что по реквизитам для уплаты НДФЛ были перечислены не удержанные у «физиков» суммы, а собственные средства налогового агента. Такими документами являются выписки из регистров налогового учета за соответствующий период и платежных документов. Причем возврат переплаты возможен только после зачета суммы излишне уплаченного налога в счет погашения налоговых недоимок (при их наличии).