Правда, только в том случае, когда руководитель филиала наделен полномочиями законного представителя организации.

Источник: Письмо ФНС от 15.02.2017 № ЕД-4-2/2785@

Напомним, что неявка в налоговую инспекцию для дачи пояснений в связи с уплатой (удержанием и перечислением) налогов (сборов) либо в связи с налоговой проверкой подпадает под положения ч.1 ст. 19.4 КоАП. За такое нарушение провинившемуся лицу грозит предупреждение или денежный штраф (в размере от 500 до 1 000 рублей для граждан и от 2 000 до 4 000 для должностных лиц).

При этом, если необходимость дачи пояснений возникла в связи с деятельностью филиала организации, руководитель которого выполняет функции законного представителя компании, налоговики должны направить вызов о даче пояснений не директору головной организации, а «местному» руководителю. И, соответственно, в случае его неявки, к ответственности будет привлечен именно руководитель филиала, а не «главный босс».