В случае, когда арендатор безвозмездно передает арендодателю неотделимые улучшения арендованного помещения, с такой операции нужно начислить НДС.

Источник: Письмо Минфина от 27.07.2016 № 03-07-11/43792

Дело в том, что согласно НК РФ реализация товаров (работ, услуг), в т.ч. на безвозмездной основе, признается объектом обложения НДС.

Кстати, если работы по улучшению проводились с привлечением подрядных организаций и НДС с этих работ арендатор принял к вычету, при передаче результатов этих работ в виде неотделимых улучшений, восстанавливать налог не нужно. Ведь суммы НДС по товарам (работам, услугам), приобретаемым для операций, облагаемых НДС, подлежат вычетам. А передача неотделимых улучшений как раз относится к таким операциям.