Ведь пока только в бумажном варианте выписки содержится специальная запись в случае обнаружения налоговиками недостоверных сведений о конкретном юридическом лице, содержащихся в ЕГРЮЛ.

Источник: Письмо ФНС от 02.09.2016 г. № ЕД-3-14/4045@

А в выписках, получаемых в электронном виде при помощи специальных онлайн-сервисов ФНС («Риски бизнеса: проверь себя и контрагента» и «Предоставление сведений из ЕГРЮЛ/ЕГРИП о конкретном юрлице/ИП в форме электронного документа»), отметка о недостоверности содержащихся сведений пока не проставляется. Но данный недочет будет устранен после модернизации сервисов.

Имейте в виду, что одной только выписки из ЕГРЮЛ недостаточно для того, чтобы доказать, что при выборе контрагента вы проявили должную осмотрительность – необходим комплексный подход к оценке своего бизнес-партнера (Письмо Минфина от 11.12.2015 № 03-07-14/72647, Письмо ФНС от 16 марта 2015 г. N ЕД-4-2/4124).