НДС по одному счету-фактуре можно принимать к вычету постепенно

Причем возможность заявлять вычет входного НДС частями распространяется, в том числе на счета-фактуры, выставленные подрядчиком при капстроительстве.

Источник: Письмо Минфина от 16.06.2016 № 03-07-10/34875

Как известно, заявить вычет по НДС можно в течение трех лет после принятия на учет приобретенных товаров (работ, услуг). При этом принятие НДС к вычету на основании одного счета-фактуры частями в разных налоговых периодах также не возбраняется.

Правда, есть исключения: не допускается частичный зачет НДС по основным средствам, оборудованию к установке и НМА (Письмо Минфина от 18.05.2015 № 03-07-РЗ/28263).

К работам по капитальному строительству, по мнению Минфина, это ограничение не относится.