Для выплаты работникам компенсаций за использование их имущества нужно допсоглашение с ними

Тогда с таких компенсаций можно не удерживать НДФЛ. А одного приказа по организации о нормах компенсирования недостаточно Письмо Минфина России от 25.10.2012 N 03-04-06/9-305. Минфин и ранее одобрял практику подтверждения таких расходов и приказом, и допсоглашением к трудовому договору с каждым получающим такую компенсацию Письмо Минфина России от 31.12.2010 N 03-04-06/6-327.

А еще нужны расчеты компенсаций, документы, подтверждающие фактическое использование имущества в интересах компании и его принадлежность работнику.
Кстати, и Минфин, и налоговики чуть ли не прямым текстом рекомендуют заменять такие компенсации выплатами за аренду. Документации и тут будет предостаточно (договор, акты), а с выплат придется удерживать НДФЛ. Но зато в отличие от компенсаций такие выплаты применительно к легковым автомобилям и мотоциклам не нормируются по налогу на прибыль и УСНО. Ну и не должно быть проблем с платой за имущество, которым работник распоряжается по доверенности.