Налоговики не признают их уплаченными, даже если за вас заплатил член семьи. Ведь плательщиком в данном случае будет владелец карты и налицо несовпадение реквизитов плательщика и лица, за которого уплачивается налог (ваши ФИО, указанные в назначении платежа). Не поможет даже письменное заявление владельца карты Сообщение Питерского УФНС.

Получается, что такие платежи нельзя будет и уточнить. Их можно только вернуть, причем заявление о возврате должен подавать владелец карты. А налог придется заплатить заново, и, возможно, уже с пенями.
Отдельный вопрос – могут ли супруги оплачивать через системы интернет-банк налоги друг друга, указывая супруга в назначении платежа? Ведь у них режим совместной собственности. Скорее всего, налоговики и такие перечисления отразят как поступления от владельца карты, но не его супруга.