Чтобы понять, придется ли ИП на «доходно-расходной» УСН платить 1%-ные взносы в ПФР со сверхлимитной выручки, в расчет он должен взять только свои доходы - понесенные предпринимателем расходы в данном случае не учитываются.

Источник: Письмо Минтруда от 03.08.2015 № 17-4/ООГ-1109

Стоит также отметить, что при определении размера выручки для целей уплаты взносов суммируются доходы от реализации и внереализационные доходы п.8.ст.14, Федерального закона №212-ФЗ.

Кстати, ранее Минтруд уже давал аналогичные комментарии Письмо Минтруда России от 21.04.2015 N 17-3/ООГ-496, да и Минфин разделяет это мнение Письмо Минфина России от 21.05.2015 N 03-11-11/29390.