Вознаграждение за выполнение работ по договору гражданско-правового характера попадает в Расчет 6-НДФЛ за тот период, в котором оно выплачено. Дата подписания акта сдачи-приемки работ значения не имеет.

Источник: Письмо ФНС от 17.10.2016 № БС-3-11/4816@

Дело в том, что датой фактического получения дохода в виде вознаграждения по ГПД считается день его выплаты, в т.ч. день перечисления вознаграждения на счет исполнителя в банке.

Поэтому, если акт сдачи-приемки работ был подписан, например, 23.03.2016 года, а вознаграждение было перечислено двумя частями 27.06.2016 и 15.08.2016, то сумма вознаграждения, выплаченная 27.06.2016, отражается в 6-НДФЛ (в т.ч. в разделе 1 по строке 020 «Сумма начисленного дохода») за полугодие, а сумма, перечисленная 15.08.2016, – в Расчете за 9 месяцев.