ФНС наконец санкционировала такую практику Письмо ФНС России от 26.10.2012 N ЕД-4-3/18162@. Ранее некоторые инспекции отказывались принимать заявление на возврат вместе с декларацией - предлагали приносить/отправлять его по почте после окончания камеральной проверки.

Новые веяния ФНС объясняет оптимизацией процедуры возврата НДФЛ. И это правда – повторные визиты декларантов только увеличивают нагрузку на налоговиков. Разумеется, принятие «авансом» заявления на возврат не означает, что уже через месяц инспекция должна вернуть вам НДФЛ. Срок на возврат начнет течь только после завершения камеральной проверки либо с момента, когда такая проверка должна быть завершена (т.е. через 3 месяца). Это позиция и ФНС, и ВАС РФ Информационное письмо Президиума ВАС РФ от 22.12.2005 N 98.
И еще один момент – при неоднозначной сумме налога к возврату в заявлении лучше указать «в таком-то размере или в размере, подлежащем возврату по результатам проверки декларации». Это на тот случай, если инспекция снизит в ходе проверки сумму возврата и посчитает ваше заявление на первоначальную сумму некорректным.