Минфин не считает такие суммы облагаемым доходом – экономической выгодой арендодателя Письмо Минфина России от 17.04.2013 N 03-04-06/12985. При условии, конечно, что возмещаемая «коммуналка» зависит от фактического потребления арендатором и учитывается по счетчикам (энергия, газ, водоснабжение).

Налоговики до сих пор иногда требуют облагать такие суммы НДФЛ, но мнение Минфина на этот счет далеко не ново и победа в споре вам гарантирована Постановление ФАС ДО от 13.12.2012 N Ф03-5812/2012 N А73-3480/2012.
Так что если вы арендуете у частника объект и для простоты расчетов арендная плата у вас покрывает «коммуналку», имеет смысл вычленить ее и оплачивать отдельно. Арендодателю это выгоднее, что может сопоставимо сказаться и на ставке аренды.

А вот возмещаемые суммы платы на содержание и ремонт помещения не зависят от пользования – с них нужно удержать налог и проще оставить их в составе арендной платы.