Подрядчик обратился в суд с иском об увеличении цены договора на стоимость не принятых вами работ по строительству ОС, и выиграл суд? Тогда на эту сумму надо увеличить первоначальную стоимость ОС, даже если объект уже введен в эксплуатацию Письмо Минфина от 04.07.2013 № 03-03-10/25656.

В НК нет прямого запрета на корректировку первоначальной стоимости ОС. А вынесение судебного решения в пользу подрядчика, по мнению Минфина, свидетельствует о неправильном применении гражданского законодательства в договорных отношениях и ошибках, повлекших занижение первоначальной стоимости объекта ОС.
Поэтому увеличение цены работ по строительству, признанное по суду, должно повлиять на первоначальную стоимость ОС как в налоговом, так и в бухгалтерском учете. То есть придется к тому же сдать уточненную декларацию по налогу на имущество, доплатить налог и пени.