То есть если вы перепродаете товар, полученный от одного поставщика, и он предоставил скидку на весь объем закупок, то ее можно распределить между спецрежимами, например, пропорционально выручке, полученной от опта и розницы Письмо Минфина от 09.09.2013 № 03-11-06/2/36949.

Излишне напоминать, что в такой ситуации в компании должен быть налажен раздельный учет доходов и расходов по деятельности, ведущейся в рамках каждого спецрежима.
Кстати, аналогичный порядок можно применять и при совмещении ЕНВД с общим режимом налогообложения. Налоговики, правда, пытаются с этим спорить, настаивая, что сумму скидки нужно полностью включить в доходы от оптовой торговли, и ничего распределять не нужно. Но суды считают, что подобный способ распределения дохода в виде скидок и бонусов не противоречит Налоговому кодексу Постановление ФАС ЗСО от 29.06.2012 № А45-16711/2011.