Даже если по самой недвижимости арендодатель уплачивает налог на имущество исходя из кадастровой стоимости. К такому выводу пришел Минфин Письмо Минфина от 19.02.2014 № 03-05-05-01/6958

Как известно, с этого года по некоторым объектам недвижимости, в частности, по торговым и офисным центрам, собственники уплачивают налог на имущество исходя из кадастровой стоимости, определенной по состоянию на 01.01.2014 (п. 1, 2 ст. 375, ст. 378.2 НК РФ). Но если такой объект недвижимости (например, торговый центр) сдан в аренду, а арендатор произвел в нем неотделимые улучшения, то налог на имущество с этих улучшений будет платить арендатор с момента принятия на их учет на счет 01 как отдельный объект ОС Письмо Минфина от 24.05.2013 № 03-05-05-01/18569. Причем платить налог надо исходя из остаточной стоимости улучшений, определенной по данным бухучета (п. 1 ст. 375 НК РФ).

И это понятно. Ведь кадастровая стоимость именно улучшений неизвестна. Можно определить лишь кадастровую стоимость здания вместе с неотделимыми улучшениями.
Заметим, что арендатору придется платить налог на имущество до тех пор, пока он Решение ВАС от 27.01.2012 № 16291/11:
(или) не передаст эти улучшения арендодателю;
(или) не получит от арендодателя компенсацию стоимости этих улучшений.