Если такой счет-фактура датирован 01.07.2014 или позже, то проблем с вычетом НДС из-за того, что он подписан не самим ИП лично, у вас не будет.

При условии, конечно, что  у лица, подписавшего счет-фактуру за ИП, есть на это доверенность. Таковы поправки в НК, начало действия которых  – 1 июля.
Мы уточнили в ФНС, какова должна быть форма такой доверенности. И нам ответили, что она должна быть нотариально заверена (см. ГК 2014 № 11, стр. 86).

Для подстраховки, чтобы потом не было проблем с НДС-вычетом, попросите предоставить вам копию доверенности.