Если, конечно, покупатель выявил недостачу еще на стадии приема товаров от продавца.

По мнению Минфина, счета-фактуры покупатель регистрирует и принимает налог к вычету следующим образом:

[и] регистрируется первичный счет-фактура, а налог принимается по нему к вычету только в части товаров, фактически принятых на учет;

[и] данные выставленного в последующем корректировочного счета-фактуры, а также данные первичных документов на уменьшение стоимости отгруженных товаров в книге продаж не отражаются.

При этом факт выявления недостачи груза при его передаче покупателю не отменяет для поставщика обязанности выставить такой счет-фактуру. Однако как будут отражены у поставщика в учетных документах по НДС эти данные? Зависит ли это от причины расхождения - счетная ошибка или недостача из-за действий третьих лиц или персонала? На наш взгляд, нет. То есть продавец должен в любом случае выполнить общую последовательность действий:

[и] выставить корректировочный счет-фактуру на сумму расхождений;

[и] зарегистрировать корректировочный счет-фактуру в части 1 журнала учета счетов-фактур, а данные из него – в книге покупок. И на основании этого счета-фактуры принять в части расхождений налог к вычету. 

Источник: Письмо Минфина России от 10.02.2012 N 03-07-09/05